Los intentos por construir el árbol de la vida han existido desde hace tiempo, el proceso necesario para ello lleva necesariamente a el tema de la evolución de los organismos; un aspecto importante en ello es la transferencia horizontal de genes que es un proceso importante en la evolución y por lo tanto puede dar un marco con el que se pueda entender la biodiversidad en la Tierra. La Transferencia Horizontal de Genes es un proceso que no involucra a las bacterias y arqueas, esto porque el material genético en los eucariontes esta alojado en el núcleo, el tal actúa como una barrera que lo protege.
Para detectar la Transferencia Horizontal de Genes se hace una reconstrucción vertical de sucesos filogenéticos, pero durante este proceso se puede encontrar algunas incongruencias en en las composiciones de las secuencias de DNA; por ello se tienen que identificar cuales son exactamente las incongruencias y cuales no, con todo esto se puede construir un árbol de referencia.
Los métodos de transferencia de genes en las bacterias se explica por 3 procesos: transformación, transducción y conjugación. Hay una cuestión interesante que complica el entendimiento de esos procesos, es que en las bacterias sucede que por vía conjugación le comparte material genético entre plantas, bacterias y hongos, esto quiere decir que hay un intercambio de genes entre reinos. Este hecho ha traído muchos ejemplos que confirman esto, incluso esto sucede en nuestros intestinos; y también ha permitido construir un árbol en el cual se representen estas relaciones entre reinos.
Toda esta situación ha llevado a crear el proyecto del árbol de la vida, en el cual, diferentes colaboradores tratan de construir un árbol de la vida más concreto y adecuado.
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