Lectura 12

Ensayo de “Microbiomics: The Germ Theory of Everything, Alan Dove, Life Science Technologies. pp. 763-765.”

Georgina Corona Rodríguez

Biólogos han comenzado a aceptar una teoría que parecía muy absurda: humanos y otros macroorganismos no son entidades individuales, sino ecosistemas completos que depende de millones de microbios. Los que trabajan en esta idea inusual han desarrollado nuevas estrategias de muestreo, secuencia de genes y técnicas de análisis de datos y otras tecnologías innovadoras para identificar los organismos en la muestra y, posiblemente, sus funciones ecológicas.

Han estado estudiando formas de caracterizar los ecosistemas, pero no han llegado a un acuerdo. Para clasificar a los organismos, pueden tomar ya sea un enfoque taxonómico, haciendo una lista de las especies que están presentes y ordenándolos por sus características y los nichos que ocupan o se centran en la construcción de árboles filogenéticos basados ​​en las relaciones evolutivas.

Existen dos métodos para hacer secuenciaciones; la secuenciación escopeta o metagenómica  que implica la secuenciación de piezas cortas al azar de todos los genomas en una muestra, que después se trata de reconstruir, la otra secuenciación se llama secuenciación rRNA, tiene procedimientos más definidos y más opciones de equipamiento para desarrollarse. Sin embargo, la secuenciación metagenómica puede identificar una gama mucho más amplia de variaciones a través de todo el genoma, y con el tiempo puede permitir a los científicos la secuencia de todo el genoma en muestras mixtas.

El software para el análisis del método de secuenciación de rRNA es más sencillo que el análisis de datos producidos por metagenomas, pues los científicos tienen que identificar los genes putativos de secuencias fragmentarias, determinar a qué familias pertenecen, y tratar de identificar qué organismos vienen en la zona donde se llevó a cabo el muestreo.

¿Cómo se identifican a los organismos?, ¿exactamente qué es una especie?, para evitar un enrollo filosófico, muchos investigadores se han asentado en la idea de unidades taxonómicas operacionales (UTO). Después de decidir cómo quieren ver un ecosistema, los investigadores tienen que dar cuenta de los sesgos inherentes a sus datos, por lo que no existe un enfoque imparcial.

Los microbiólogos han sabido por mucho tiempo que hay muchas bacterias, hongos, protozoos y virus que no crecen en el laboratorio con técnicas de cultivo actuales. Por lo que además de los esfuerzos para caracterizar ambientes bacterianos con mayor detalle, se están permitiendo a los investigadores determinar los requisitos para el cultivo de organismos previamente incultivables, permitiendo así el creciendo de estos microbios en el laboratorio, cómo surgen sesgos en los datos y cómo minorizarlos es una tarea que se trata de realizar conociendo a estos organismos, lo cual, poco a poco se está llevando a cabo.