domingo, 22 de septiembre de 2013

Modeling the Earth Microbiome


Project Earth
Hernández Calderón Janeth
Grupo 5013

 

         A nivel mundial, las células microbianas son 1 billón veces más abundantes que las estrellas en el universo. Los microbios y los ubicados en ellos, son importantes para la función del ecosistema. Es por ello que es fundamental su estudio, para lo cual se han realizado varios proyectos.

         El microbioma Project Earth (EMP, www.earthmicrobiome.org) es una iniciativa de colaboración para crear múltiples conjuntos de datos comparables que describen los microorganismos de una amplia gama de ecosistemas.

         Los objetivos de EMP son básicamente los siguientes:

·         Permitir la comparación de muchos ambientes en todo el planeta, aprovechando los conjuntos de datos que se generan siguiendo los protocolos estándar. Esto es importante para el análisis de secuenciación de ácidos nucleicos, este enfoque se requiere a los investigadores para seguir los protocolos de extracción de DNA estándar para lisar las células y la liberación del DNA para el análisis. Esto por la  necesidad de producir datos que son totalmente comparables también requerirá a los investigadores a desarrollar y seguir un protocolo de amplificación estándar para superar los prejuicios cuando la amplificación de ADN en las muestras.

·         Determinar cómo los sesgos analíticos podrían afectar los investigadores cuando se reconstruyen las comunidades microbianas de la secuencia de datos. El desarrollo de esta comprensión es vital, ya que no es razonable suponer que la comunidad de investigación adoptará los enfoques normativos.

·         El desarrollo de una base de datos para el análisis de muestras ambientales en términos de sus características del espacio de los nichos, un atlas mundial de las funciones de las proteínas, y un catálogo de genomas recompuestas y sus distribuciones taxonómicos.

·         Otro objetivo fundamental es el desarrollo de modelos matemáticos predictivos de los ecosistemas. Estos modelos suelen proporcionar representaciones abstractas de los ecosistemas. Sus predicciones se extienden normalmente a partir del nivel de la dinámica intracelular al de escala regional y global. Invariablemente, estas dinámicas implican redes de interacciones entre la biológica, química, y las variables físicas en un sistema superpuesto con algoritmos, que describen estas relaciones. Así, los modelos predicen cómo el cambio de una variable probablemente generará respuestas entre otras variables.


         No entendí un 100 % este tema, pero por lo que entendí el estudio de las células microbianas es algo de suma importancia ya que son muy abundantes en la Tierra. Su estudio nos permite conocer más acerca de todos los ecosistemas donde se encuentran. Además estos proyectos para estudiarlos no sólo implican a la Biología, sino también de la Física y las Matemáticas.

 
Modeling the Earth Microbiome
Jack A. Gilbert and Folker Meyer
Volume 7, Number 2, 2012 / Microbe

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