Los microbios son importantes para la función correcta de un ecosistema, y son los organismos más abundantes (en el mundo hay un millón de veces más microbios que en las estrellas); diferentes investigaciones han intentado saber la relación y el ambiente del como los microbios interactúan con el y con el mundo, deacuerdo con la taxonomía y el metabolismo, los microbios son muy variados por lo tanto tienen muchísimas capacidades y modos de funcionamientos. Un proyecto impulsado quiere lograr crear una base de datos para describir microorganismos a diferentes niveles de ecosistemas, es apoyado por especialistas bioinformaticos y ecologistas microbianos. Uno de las grandes metas de este proyecto es hacer disponibles muchas comparaciones de entornos naturales alrededor del mundo, para lograr se crean protocolos para las secuencias genéticas que los interesados obtengan a través de PCR. Otro objetivo de este proyecto es saber como las deformaciones afectan las investigaciones para reconstruir las comunidades desde las secuencias. Otro objetivo de el es crear un atlas global de proteínas funcionales para asumir o saber como es el nicho de algunos organismos. El objetivo más predicho o es crear o crear modelos matemáticos de los ecosistemas a diferentes escalas, estos modelos también ayudarán a saber como las fuerzas afectan el funcionamiento vital de los ecosistemas. Estos modelos no sólo ayudarán a describir ecosistemas terrestres, si no más importantemente los ecosistemas marinos, pero tendrá algunas limitaciones dependiendo el objeto que se quiere describir. Es muy difícil usar estos modelos para describir los ecosistemas terrestres por la heterogeneidad del ecosistema y por la naturaleza estática de los sistemas terrestres; una cosa que dificulta más esto es que los microbios en los ambientes marinos se redistribuyen cada 10000 años y en los ambientes terrestres los microbios se redistribuyen en menos tiempo, por varios factores como los animales, plantas, agua y erosión del viento. Este proyecto también provee suposiciones que describen como los microorganismos estas distribuidos, esto puede ir de la mano con la evolución taxonómica de las poblaciones, pero eso es algo extremadamente difícil de hacer pero algunas estrategias secundarias pueden lograr este objetivo, estos métodos dependen de los datos que se tengan como las interacciones en la región y como las poblaciones modifican el ambiente; con estas estrategias se puede describir como los microbios responden a cambios e interferencias en su ambiente. Lgunos de los modelos que aún hacen falta es el modelo que describa los parámetros de ambiente que definan los procesos metabólicos de los microbios, incluyendo caracteristicas físicas y químicas; Peter Larsen es alguien que se dispuso a describir este modelo, teniendo primeramente la abundancia de actividad de las enzimas comparándolos con otros estudios similares enfocandose en la constitucion del carbono y fósforo (PRMT), y seguidamente el uso de redes para definir las relaciones entra la física, química y biología en ellos (MAP). En resumen, estos modelos juegan un papel importante para las investigaciones de la biología microbiana, aunque estos esfuerzos aún son limitados y aún faltan eslabones por descubrir.
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